EAP已被公认为是一个非常好的概念，它既可以帮助员工及其家属更好地面对在个人生活和工作生涯方面的种种困惑或问题，同时也能够因此而帮助组织机构更好地实现组织机构的目标。EAP能够很好地体现人文管理的精神：关注人、尊重人、注重人的价值、帮助人面对困难、开发潜能、以及保持人的心理健康和成熟等。但是，就和任何其它新生事物一样，EAP作为一个起源于西方社会的一种服务模式也将经历一个适应当地文化和人群的过程，其中也会出现一些问题，甚至面临相当的挑战。
　　比如在EAP的推广方面，会碰到来自许多方面的困难。EAP服务机构通常是把它作为一种有偿服务推广给一个企业或组织的，然后由企业组织再作为一项福利项目免费提供给员工。在这个过程中，企业组织会特别关注它的成本效益或投资回报，但如何在短时间内来评价一个EAP项目的成功与否，是具有十分的挑战性的。事实上，一个企业组织是否接受EAP与该机构的决策者们对人的观念和意识是非常相关的，同时也决定于他们对企业员工的心理和行为问题及其对工作结果的影响等方面的敏感性。所以，靠专业的EAP服务公司单枪匹马地作战，成效会很不显著。也许政府部门的某种形式上的支持、政策上的倾斜、以及加强对员工心理健康保护的宣传等能够在某种程度上减轻EAP服务机构的压力和企业用户的负担，扩大EAP的推广力度。当然，来自咨询公司的宣传、市场培育等也能在一定程度上加强决策者的意识，推动EAP的推广。
　　EAP是一项必须非常关注个人隐私的服务。但这样一个特点会对在中国推广和实施EAP带来很大的问题或挑战。因为这种隐私性特殊要求，一个EAP项目必须建立在服务公司、企业组织、以及员工三方之间非常信任的基础上。但在现实中，服务公司往往会受到来自员工的怀疑，是否能够真正做到中立，确实保障员工的隐私，尤其是不受项目费用支付方的任何制约。一旦员工有任何怀疑的话，就会极大地影响员工使用这类服务，最终导致项目的失败。所以，先期的推广说明，特别是使员工确信他们的隐私权会得到充分的保护等是运作一个EAP项目成败的关键。
　　把EAP这样一个好的概念放在某个组织机构以一系列具体形式去实现的时候，实际上对EAP服务公司来说也具有相当的挑战。首先，需要通过一系列途径来深入了解这个特定的组织机构及其人员的需求，比如在组织层面的项目前调查和在员工层面的相关调查等；然后在这些结果基础上来设计符合其需要的EAP的项目计划；在实施过程中，最大的挑战是需要持续不断地向员工进行EAP的普及和教育工作。虽然，由于不同组织机构在所有制性质、行业、规模、所在区域、以及人员构成等存在很大差异，所有以上的EAP项目前期调查工作、实施中的教育推广、以及项目的具体服务形式都会有所不同。
　　EAP项目基本上应该包含以下三个层面的工作：
　　初级预防：消除诱发问题的来源
　　初级预防的目的是减少或消除任何导致职业心理健康问题的因素，并且更重要的是设法建立一个积极的，支持性的，和健康的工作环境。通过对人力资源方面的企业诊断，能够发现问题在哪里和解决问题的途径。通常，初级预防通过改变一些人事政策来实现，如改善组织内的信息沟通，工作再设计，和给予低层人员更多的自主权等二级预防：教育和培训
　　教育和培训旨在帮助员工了解职业心理健康的知识，如各种可能的因素怎样对员工心理健康产生影响，以及如何提高对抗不良心理问题的能力。有关的教育课程包括应付工作压力，自信性训练，放松技术，生活问题指导，以及解决问题技能等。二级预防的另一个重要目的是向人力资源管理人员和组织内从事员工保健的专业人员提供专门的培训课程，来提高他们对员工心理健康的意识和处理员工个人问题的能力。如“基本咨询技能”和“行为风险管理”等方面的培训。
　　三级预防：员工心理咨询与辅导
　　员工心理咨询是指由专业心理咨询人员向员工提供个别、隐私的心理辅导服务，以解决他们的各种心理和行为问题，使他们能够保持较好的心理状态来生活和工作。由于员工的许多职业心理健康问题与家庭生活方面的因素有关。这种心理咨询服务通常也面向员工的直系家庭成员。
　　EAP在中国发展的一个很重要挑战来自EAP专业服务人员。从EAP提供的服务性质来看，EAP专业服务人员应该来自咨询心理学、社会工作者、职业发展咨询、教育学、行为科学、以及精神医学等领域的专业背景，同时具有并且正在从事咨询助人工作的专业人员。EAP专业服务人员必须具备相关领域的专业实践资格，但同时也必须相当地熟悉和了解所服务的组织机构和员工，具有公司内部作业流程的一般知识，并能够理解员工的一般心态和在工作中各种面临的可能问题等。
　　EAP的最大挑战之一可能来自其运作效果的评估。有很多的研究对EAP的成本效益或投资回报作了比较系统的分析（对EAP项目费用更应该看作是一种对员工的投资），这些研究证明EAP不仅能够带来工作绩效的提高，而且能够使其他的员工管理成本降低，以及减少由于人为因素发生的事故使公司产生的损失。但在实际操作中，对EAP效果的评估往往需要一个长期过程，而且需要对所有的相关资料进行比较系统的积累。因此，EAP对于希望在短期内看到它效益的组织机构来说，其挑战是前所未有的。

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